EMWのボトルの液面に白いものが出てきたのですが、使用しても大丈夫でしょうか？

使用する上で影響はありません。
これは主に液面酵母で、EMに含まれる空気を好む菌の一種。
EMを構成する不可欠な菌でもあります。軽く振ってご使用ください。