実際のものを見なければ正確なことは言えませんが、黒カビ（黒色のカビの総称）かもしれません。EMの中には糸状菌といって、白いカビのような菌も含まれていますが、黒カビはEMに悪い影響を及ぼすものです。
希釈したEM液はなるべく早く、３日以内で使い切ることをおすすめします。また、スプレーヤー本体は歯ブラシなどでよく洗い、よく乾燥させてから使用してください。